Luego de la muerte de Selena Quintanilla, poco se ha sabido de él, pues aunque ha seguido en el mundo de la música como productor musical, decidió alejarse de todo aquello que le remitiera a la reina del ‘tex mex’.
Después de la muerte de Selena, Pérez tuvo una relación con Vanessa Villanueva, la cual conoció a través de su amigo John Garza. En 1998 los dos comenzaron su relación y en el 2001 se casaron y de su matrimonio nacieron sus dos hijos Noah y Cassie Pérez. Sin embargo, la relación no funcionó y después de seis años la pareja decidió separarse y en el 2008 se divorciaron oficialmente. Desde entonces no se la ha conocido otra relación al guitarrista.
Aunque pocas veces comparte imágenes con sus hijos, las fotos que tiene en su cuenta con Cassie, han sorprendido a sus seguidores pues la chica de 19 años, tiene un gran parecido con él. Por ello, Chris le dice de cariño «Mini-me» (mini yo).
